La qualification détaillée des marais neuchâtelois (1990-1994) a révélé que la totalité des objets nécessitait des mesures afin de répondre aux exigences fédérales, en particulier afin de rétablir le régime local des eaux et favoriser leur régénération.
A cette fin, des plans de gestion ont été établis et les premières mesures mises en place dès 1992, en parallèle à la fermeture des exploitations de tourbe entre 1990 et 1995.
Un écosystème « tourbière » doit fonctionner comme une éponge gorgée d’eau en permanence. La tourbe qui n’est plus complètement saturée se dégrade et modifie négativement les communautés vivantes typiques.
L’exploitation de la tourbe a façonné des marais topographiquement très perturbés, fortement découpés et de tailles réduites, avec des secteurs en creux permettant facilement d’y accumuler de l’eau, mais aussi de nombreuses zones topographiquement surélevées, formant des bosses dominant les terrains voisins. Y retenir l’eau et mouiller l’entier de la masse de tourbe est ainsi une gageure.
Le plan de protection élaboré en 1990-95 et sanctionné par le Conseil d’Etat en 2008 une fois les recours traités (PAC Marais) (rapport en pdf) mentionne que le canton possède 26 objets d’importance nationale couvrant 343,2 ha de hauts-marais (17 biotopes marécageux) et 40,3 ha de bas-marais (9 biotopes marécageux).
Le rapport justifiant cette protection relève un indicateur permettant de qualifier le fonctionnement des marais : la présence et la densité des sphaignes couvrant le sol des marais. Cette couverture de mousses recense les secteurs favorables à la production de tourbe et a été cartographiée pour élaborer les plans de gestion de chaque marais.
La carte exemple montre la couverture des sphaignes du marais des Bieds. Les taches roses denses, indiquent les secteurs avec une bonne présence de sphaignes. Cette couleur devrait idéalement couvrir toute la surface du biotope pour assurer un dynamisme optimal de la tourbière.
On diagnostique clairement que les sphaignes sont absentes des bordures du marais et des alentours agricoles.
Pour la majorité des marais, l’assèchement du sol tourbeux est trop fort pour que ces mousses puissent s’y développer et produire de la tourbe.
L’ordonnance fédérale stipule que les marais doivent être régénérés partout où cela est possible, ce qui implique de rétablir l’équilibre hydrique dans les surfaces sous protection. Une tourbière correctement régénérée doit retrouver à terme un tapis compact de sphaignes en croissance, produisant et accumulant de la nouvelle tourbe. Le marais joue alors pleinement un rôle actif et positif dans la fixation du carbone atmosphérique et contribue positivement à la mise en œuvre du Plan climat cantonal.