L’exploitation de la tourbe modifie notablement le régime hydrique des tourbières. En coupant dans ces sols homogènes, on en déséquilibre durablement l’équilibre hydrique.
L’exploitation de la tourbe nécessite d’assécher la masse de tourbe pour y travailler et pour y accéder avec des engins lourds. Une fois les forêts coupées sur d’importants périmètres, le sol tourbeux est entaillé d’innombrables fossés superficiels. Ces rigoles accélèrent l’écoulement des eaux vers la bordure du marais. Pendant les périodes de crise, 1914-18 et 1939-45, plus de 12 kilomètres de fossés ont été creusés au cœur des tourbières de la vallée des Ponts. Encore parfaitement identifiables, ils restent fonctionnels.
Qui plus est, une fois la tourbe extraite, découpant et diminuant d’autant la végétation des marais et en abaissant les sols résiduels, les ouvriers installaient systématiquement des réseaux de drains en profondeur pour convertir ces sols en prés de fauche et gagner de la surface.
Ces réseaux souterrains drainent aujourd’hui l’entier des terrains agricoles et sont indispensables pour assainir les prairies et permettre leur exploitation. Ils sont posés jusqu’à la périphérie immédiate des tourbières voir, selon les pentes, passent au cœur même des marais. De tels réseaux assèchent continuellement les marais. Ils évacuent les eaux de surface et, plus sournoisement car plus difficile à démontrer, détournent l’alimentation par les ruissellements. Ainsi les tourbières sont asséchées à la fois en surface et en profondeur. Le lien ci-après permet l’accès au géoportail du canton et montre le vaste réseau de drain entourant le Marais-Rouge. Les fossés creusés dans la tourbière sont également identifiables :
Pour limiter voir stopper l’impact sur le régime hydrique des marais, la base légale impose la mise en place de zones-tampon à la périphérie des tourbières. Cette zone vise à supprimer l’effet des drains en stoppant l’évacuation des eaux vers l’extérieur des biotopes protégés. Les spécialistes du drainage considèrent que les drains ont une efficacité sur environ 15 mètres. Une ceinture de protection hydrique de 15 mètres de large, politiquement acceptable, a donc été retenue. Dans cette zone entourant les tourbières et dans les marais eux-mêmes, tous les drains doivent être enlevés ou du moins bloqués pour arrêter l’assèchement du sol tourbeux.
Si les mesures de revitalisation mises progressivement en place dans les tourbières permettent de fermer une partie des rigoles superficielles, la crainte de voir les terrains agricoles bordant les tourbières se mouiller excessivement a très fortement retardé et limité la concrétisation des zones-tampon hydriques.
Les zones-tampon hydriques neuchâteloises sont le résultat d’un compromis entre la dégradation des herbages et l’efficacité des drains dans la tourbe. Le rôle et l’importance de l’alimentation hydrique du marais (bassin versant de l’espace marais) n’ont pas été pris en considération à leur juste valeur au début des années 2000 lors de la mise en place des zones-tampon.